En Legend of Zelda: Twilight Princess, Link es un granjero que vive con cinco de sus amigos. Todos ellos son capturados por monstruos que montan jabalíes y Link es llevado al Reino Crepuscular. A punto de ser asesinado, se convierte en lobo gracias a la Trifuerza, pero es hecho prisionero en el castillo de Hyrule. Allí encuentra a Midona y a la Princesa Zelda y descubre que el Reino Crepuscular es en realidad Hyrule, que fue conquistado por Xanto, el rey de las sombras. Luego viaja por todo el reino para encontrar las perlas de luz y así liberar su mundo del Reino Crepuscular. Link adquiere nuevos poderes, como la capacidad de convertirse en lobo, lo que refina sus sentidos, le permite hablar con los animales y teletransportarse. El sistema de combate se ha actualizado, y ofrece la posibilidad de usar la espada mientras corres o viajas. Twilight Princess muestra un estilo gráfico completamente diferente al de su predecesor, The Wind Waker, y se aleja del cel-shading con un estilo más realista.